Que sait-on du sous-variant BA.2 d’Omicron?

Modélisation du virus de la COVID-19.

Le sous-variant BA.2 d’Omicron est présent dans une cinquantaine de pays. Photo: Shutterstock/Lightspring

Le variant Omicron domine toujours au Canada, mais un de ses sous-variants, BA.2, est désormais présent dans une cinquantaine de pays et domine au Danemark. Doit-on craindre ce « petit frère d’Omicron »?

Rappelons qu’il existe actuellement trois sous-lignées du variant Omicron : BA.1 (responsable de la plus récente vague de contagion), BA.2 et BA.3 (vraisemblablement une combinaison de BA.1 et de BA.2).

Le sous-variant BA.2 attire l’attention en ce moment en raison du type de mutations qu’il présente. En effet, il semble se répandre très rapidement et être en train de supplanter BA.1.

C’est une compétition entre les sous-variants, explique Nathalie Grandvaux, chercheuse et professeure au Département de biochimie et de médecine moléculaire de l’Université de Montréal, en entrevue à CBC(Nouvelle fenêtre). « Ça ressemble un peu à la compétition entre les variants Delta et Alpha. »

Au Danemark, à la fin de 2021, le sous-variant BA.2 était à l’origine d’environ 20 % des cas. À la mi-janvier, c’était 50 %. Au début de février, il dominait.

Au Royaume-Uni, on estime que le nombre de cas de contamination par le sous-variant BA.2 double tous les quatre jours et qu’il pourrait devenir la souche dominante en février.

Rappelons aussi que ces deux pays, tout particulièrement le Danemark, sont ceux où on fait le plus de séquençage génétique dans le monde. Ainsi, il est possible que BA.2 soit encore plus présent qu’on le pense ailleurs dans le monde.

Une centaine de cas de contamination par le sous-variant BA.2 ont déjà été recensés au Canada. En fait, l’administratrice en chef de la santé publique du Canada, la Dre Theresa Tam, a précisé lors d’un point de presse que le Canada avait détecté le sous-variant BA.2 dès novembre 2021. Nous sommes un des premiers pays à l’avoir décelé, a-t-elle indiqué.

Que sait-on du sous-variant BA.2?

Une étude danoise(Nouvelle fenêtre) (non révisée par des pairs) montre que si une personne est infectée par le sous-variant BA.2, il y a un risque global de 39 % qu’un autre membre de son foyer soit infecté au cours de la première semaine, comparativement à 29 % pour le sous-variant BA.1.

Les données préliminaires montrent que le sous-variant BA.2 ne causerait pas plus d’hospitalisations ou de décès chez les personnes adéquatement vaccinées. Les personnes non vaccinées continuent d’être beaucoup plus à risque de souffrir de complications graves de la maladie, d’être hospitalisées et de mourir, a précisé la Dre Angela Rasmussen, virologue à la Vaccine and Infectious Disease Organization (VIDO) à l’Université de la Saskatchewan, en entrevue à CBC(Nouvelle fenêtre).

Cependant, tout comme avec le sous-variant original d’Omicron, si le nombre de cas explose, le nombre d’hospitalisations et de décès augmentera beaucoup lui aussi.

Il sera crucial de déterminer pourquoi le sous-variant BA.2 paraît plus contagieux et s’il fera croître le nombre total de cas de COVID-19 ou s’il remplacera simplement le sous-variant BA.1.

Les experts surveillent aussi de près la capacité du sous-variant BA.2 de réinfecter les gens qui ont été récemment infectés par Omicron (BA.1) après seulement quelques semaines. Il existe déjà des cas documentés de réinfection en Norvège. Il est donc possible que le sous-variant BA.2 réinfecte ceux qui ont été infectés lors de cette dernière vague. Ainsi, un plus grande nombre de personnes pourraient être infectées par le virus.

La Dre Rasmussen a dit qu’il ne faut pas paniquer tout en prévenant qu’il ne faut pas non plus sous-estimer ce sous-variant : Nous ne savons pas s’il a la capacité d’infecter et de tuer plus de gens, a-t-elle dit avant d’ajouter que les chercheurs auront une meilleure idée de l’incidence de BA.2 au cours des prochaines semaines.

Les vaccins fonctionnent-ils contre ce sous-variant?

Les gens qui ont reçu une ou deux doses, voire aucune dose de vaccin, sont plus susceptibles d’être infectés par BA.2 que par BA.1.

Une analyse préliminaire du Royaume-Uni(Nouvelle fenêtre) montre que l’efficacité vaccinale est presque la même pour les sous-variants d’Omicron.

L’efficacité du vaccin après deux doses pour prévenir les infections serait de 9 % pour BA.2 par rapport à 13 % pour BA.1. Par contre, le degré de protection passe à 63 % pour BA.2 et à 70 % pour BA.1 deux semaines après une injection de rappel.

Est-il vrai que le sous-variant BA.2 ne peut pas être détecté par un test PCR?

Dans un rapport publié au début de janvier(Nouvelle fenêtre), le Royaume-Uni précisait qu’il arrive parfois que le sous-variant BA.2 ne soit pas détecté. La raison? Il manque au sous-variant BA.1 un des trois gènes cibles utilisés dans les tests SRAS-CoV-2 à grande échelle, ce qui le rend facile à repérer. Ce n’est pas le cas de BA.2.

La Dre Rasmussen a précisé que les tests PCR décèlent encore sans problème si une personne est infectée ou non par le SRAS-CoV-2. Toutefois, il est plus difficile de déterminer si c’est le sous-variant BA.2 ou un autre variant.

C’est pourquoi elle estime que les pays doivent continuer à séquencer le plus de cas possible pour suivre l’évolution de ce sous-variant et pour détecter l’apparition de nouveaux variants.

D’où vient le sous-variant BA.2?

Les experts ne savent pas exactement où, comment et quand Omicron et ses sous-lignées sont apparus. Il y a plusieurs hypothèses.

Certains scientifiques croient qu’Omicron s’est développé chez un patient immunodéprimé qui avait une infection de longue durée. D’autres croient que le virus a été transmis à un animal et y a subi des mutations avant de se propager de nouveau chez les humains.

Une des réactions typiquement humaines consiste à vouloir trouver une explication et à trouver une personne à blâmer [pour l’apparition de ces variants et de ces sous-variants]. Mais il faut blâmer les politiques qui permettent au virus de continuer à se transmettre à grande échelle, a dit la Dre Rasmussen, qui a ajouté que plus le virus circule, plus les risques de mutations augmentent.

Le sous-variant BA.2 pourrait-il provoquer une nouvelle vague?

Selon Nathalie Grandvaux, il est difficile de savoir ce que les prochaines semaines nous réservent. Il est possible qu’une nouvelle vague survienne ou que la vague présentement en cours stagne et prenne beaucoup plus de temps à se résorber.

L’Agence de la santé publique du Canada a rappelé vendredi qu’en dépit du recul du nombre de nouveaux cas de COVID-19 répertoriés au Canada, le nombre d’hospitalisations est toujours très élevé. Ainsi, une nouvelle hausse du nombre de cas due au sous-variant BA.2 pourrait avoir une incidence considérable sur les systèmes de santé du pays.

Par ailleurs, le nombre de cas de contamination et le nombre d’hospitalisations ont récemment explosé au Danemark. Cependant, il est encore difficile de déterminer si la cause principale est ce nouveau sous-variant ou l’abandon de plusieurs mesures sanitaires.

La Dre Rasmussen a ajouté qu’on ne sait pas encore si la situation qui règne au Danemark se présentera au Canada. Au Danemark, la population est différente, la couverture vaccinale est différente, le taux de vaccination est différent et les données démographiques sont différentes, a-t-elle déclaré.

Elle a ajouté que les autorités doivent être prudentes puisque de nombreuses questions demeurent à propos de ce sous-variant. Il serait sage de faire attention pendant quelques semaines, le temps de mieux comprendre les effets de ce sous-variant.

Avec Radio-Canada par Mélanie Meloche-Holubowski

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