Covid-19 : les variants qui menacent de changer la donne en Afrique

Faut-il avoir peur des nouveaux variants du Covid-19 ? Oui, répondent en cœur les autorités sanitaires du continent, qui pointent la hausse spectaculaire des contaminations observée en juin dans de nombreux pays. Le point sur ces nouvelles menaces et ce que l’on en sait.

La troisième vague du coronavirus en Afrique sera-t-elle la plus dévastatrice ? À écouter, jour après jours, les médecins et les autorités sanitaires qui recensent les cas de contamination et les décès, égrènent la liste des pays touchés par une forte augmentation des cas, beaucoup commencent à le redouter.

« La propagation galopante de variants plus contagieux modifie considérablement la nature de la menace qui pèse sur l’Afrique », a martelé le 1er juillet Matshidiso Moeti, la directrice Afrique de l’OMS, qui estime que la troisième vague « ne ressemble en rien à ce que nous avons connu jusqu’à présent. »

La nouveauté, chacun l’aura compris, tient principalement à la multiplication des fameux « variants ». Le virus mute, les scientifiques nous l’expliquent depuis maintenant dix-huit mois, et des formes nouvelles apparaissent, dotées de caractéristiques parfois inédites.

Mutations en tout genre

Toutes les mutations ne rendent pas le virus plus dangereux, loin de là, mais c’est parfois le cas, particulièrement pour la déjà célèbre version « Delta », dont le taux de transmissibilité est de 30 à 60 % supérieur à celui des autres formes du Covid.

Plus transmissible, le Delta est aussi plus agressif et dangereux : en Ouganda, l’un des pays du continent les plus durement frappés par la troisième vague en cours, 66 % des formes graves de Covid détectées chez les 45 ans et plus sont dues au Delta. Et les variants les plus virulents ont souvent, pour ne rien arranger, tendance à prendre le pas sur les autres.

LE DELTA REPRÉSENTE 97 % DES TESTS POSITIFS EN OUGANDA

Dans les dernières statistiques, le Delta représentait 97 % des tests positifs effectués en Ouganda, 79 % en RDC. Il est en passe de devenir la forme majoritaire de la maladie sur le continent, avec des conséquences déjà observables : + 25 % de cas lors de la dernière semaine du mois de juin, et une mortalité en hausse de 15 % dans 38 pays durant la même période.

Il faut aussi préciser que les appellations de type « Alpha » ou « Delta » sont apparues tout récemment et à l’initiative de l’OMS. Jusqu’au printemps 2021, les nouvelles versions du coronavirus SRAS-CoV-2 étaient baptisées en fonction du premier pays où elles avaient été détectées, avec des appellations du type « variant sud-africain » ou « variant breton ».

Appellations stigmatisantes

Appellations jugées – à juste titre – stigmatisantes par les autorités sanitaires. L’OMS a donc décidé à la fin du mois de mai de renommer tous les variants avec des lettres grecques. On recense à ce jour des variants Alpha, Beta, Gamma, Delta, Eta, Kappa, Iota, Lambda, Theta et la liste risque, hélas, de continuer à s’allonger.

Ces différentes formes sont, de plus, classées en trois catégories distinctes selon leur niveau de gravité. On sépare donc les « variants préoccupants » (VOC, « variant of concern »), les « variants d’intérêt » (VOI, « variant of interest » ou variant à suivre) et les « variants en cours d’évaluation », les plus récemment détectés (VUM, « variant under monitoring »).

Chaque catégorie a en commun le fait d’alimenter une crainte : celle de voir apparaître des formes du Covid résistantes aux vaccins actuellement disponibles. Pour tenter d’y voir plus clair, nous vous proposons la liste des principaux variants présents sur le continent à ce jour, leurs caractéristiques connues à ce stade et les pays dans lesquels ils ont déjà été détectés.

Les trois variants les plus préoccupants

Le variant « anglais » Alpha

• Identifié en septembre 2020 au Royaume-Uni
• Actuellement détecté au Maroc, en Algérie, en Tunisie, en Libye, en Égypte, au Cap Vert, au Sénégal, en Gambie, en Mauritanie, en Guinée Bissau, en Guinée, au Liberia, au Tchad, au Burkina Faso, en Côte d’Ivoire, au Ghana, au Togo, au Nigeria, au Gabon, au Cameroun, en République du Congo, en Centrafrique, en RDC, en Guinée équatoriale, en Ouganda, au Rwanda, en Ethiopie, en Somalie, au Kenya, en Angola, au Malawi, à Madagascar et en Afrique du Sud
• Caractéristiques connues : 50 à 75 % plus contagieux que les souches habituelles, touche plus facilement les enfants mais n’entraîne généralement pas de formes graves de la maladie.

Le variant « sud-africain » Beta

• Identifié en août 2020 en Afrique du Sud
• Actuellement détecté en Tunisie, en Libye, au Sénégal, en Guinée Bissau, en Côte d’Ivoire, au Ghana, au Togo, en République du Congo, en Guinée équatoriale, au Gabon, en RDC, en Ouganda, au Kenya, au Rwanda, en Tanzanie, en Angola, en Malawi, au Mozambique, en Zambie, au Zimbabwe, en Namibie, au Botswana, en Afrique du Sud, au Lesotho, en Eswatini, à Madagascar, aux Comores, aux Seychelles et à Maurice
• Caractéristiques connues : se répand plus rapidement que les souches habituelles et se fixe plus facilement dans l’organisme, touche plus fréquemment les jeunes sans forcément provoquer de symptômes, formes parfois plus graves de la maladie et risques de réinfection plus élevés.

Le variant « indien » Delta

• Identifié en octobre 2020 en Inde
• Actuellement détecté au Maroc, en Algérie, en Tunisie, en Mauritanie, en Gambie, au Ghana, au Nigeria, au Gabon, en RDC, en Ouganda, au Kenya, en Angola, en Zambie, au Zimbabwe, au Botswana, en Afrique du Sud et à Maurice
• Caractéristiques connues : ce variant a subi une mutation qui semble le rendre plus résistant aux anticorps, il serait plus contagieux et provoquerait des symptômes nouveaux comme des saignements de nez. Classé « préoccupant » par l’OMS en mai 2021, il semble générer des formes plus graves de la maladie.

Les nouvelles formes qui inquiètent

Le variant Eta

• Identifié en décembre 2020 au Royaume-Uni et au Nigeria
• Actuellement détecté au Nigeria, au Gabon, au Cameroun, en Angola, en Ouganda et en Tanzanie
• Caractéristiques connues : peu de données disponibles à ce jour pour ce variant détecté aussi aux États-Unis et en Europe. Comme d’autres formes préoccupantes, il modifie la protéine Spike qui joue un rôle important dans la contamination des cellules par le virus, ce qui le rend inquiétant.

Le variant « nigérian » B.1.1.207

• Identifié en août 2020 au Nigeria
• Peu de données à ce stade, ce variant reste très minoritaire parmi les cas positifs. Il est toutefois considéré comme une forme « notable » et à surveiller par les autorités sanitaires.

On recense sur le continent deux autres variants identifiés mais dont la dangerosité n’est pas encore évaluée : les B.1.1.318 et B.1.620, respectivement détectés en janvier et février 2021.

Avec Jeune Afrique par Olivier Marbot

Tempête sanitaire

Tempête pluri-sanitaire

Aux relents victimaires

D’une pandémie contemporaine

Aux nombreux dégâts mortuaires

Dans la course de la vaccination

Et la logistique de la distribution

Les nations essaient de sauver les meubles

Pour épargner des vies du comble

Avec l’apparition des variants

Aux atomes crocus et mordants

La volonté de vaincre la pandémie

Est le prix à payer du dernier cri

Bernard NKOUNKOU

France: Vaccination ouverte au personnel volant qui se rend vers des pays à variants

Le personnel navigant de plus de 55 ans va également être ajouté à la liste des métiers dits de « deuxième ligne », bénéficiant de créneaux de vaccination réservés.

Vaccination ouverte au personnel volant qui se rend vers des pays à variants© CHRISTOPHE PETIT TESSON / EPA / EFE

Les pilotes, hôtesses et stewards des compagnies aériennes susceptibles de voler vers l’Inde, le Brésil, l’Argentine, le Chili et l’Afrique du Sud vont pouvoir se faire vacciner quel que soit leur âge, a-t-on appris vendredi auprès du ministère des Transports.

Le ministre délégué aux Transports Jean-Baptiste Djebbari en a fait l’annonce lors d’une rencontre avec le personnel navigant d’Air France au siège de la compagnie. Le personnel navigant de plus de 55 ans va également être ajouté à la liste des métiers dits de « deuxième ligne » bénéficiant de créneaux de vaccination réservés, selon le ministère. Selon RTL, qui a dévoilé l’information, la vaccination sera possible à partir de lundi.

La directrice générale d’Air France, Anne Rigail, a salué dans un tweet cette décision, affirmant que « la santé et la sécurité de nos personnels et de nos clients sont nos priorités absolues ».

Le Syndicat national des pilotes de ligne (SNPL) d’Air France avait appelé lundi les pilotes de la compagnie non vaccinés contre le Covid-19 à refuser les vols vers l’Inde, le Brésil, l’Afrique du Sud, l’Argentine et le Chili, pays particulièrement touchés par l’épidémie et par des variants plus contagieux.

Par Le Point avec AFP

Canada: Les variants seront dominants au Québec d’ici deux semaines, selon l’INSPQ

Plus de la moitié des cas de COVID-19 enregistrés dans la province sera liée à un variant d’ici début avril, prévoit l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) dans sa plus récente modélisation. Les mesures imposées par la santé publique risquent d’ailleurs d’être insuffisantes pour freiner leur propagation.

© Graham Hughes/The Canadian Press Un homme passe un test de dépistage pour la COVID-19 dans une clinique à Montréal.

«L’augmentation des cas de variants […] signifie que le niveau actuel d’application des mesures de prévention est insuffisant pour contenir leur transmission et maîtriser l’épidémie, du moins jusqu’à ce qu’une très grande proportion de la population québécoise soit vaccinée», a affirmé le Dr Gaston De Serres, médecin épidémiologiste à l’INSPQ, par voie de communiqué.

L’adhésion de la population aux mesures de prévention imposées par la santé publique diminue «à un moment où il est plus important que jamais de les appliquer de façon rigoureuse pour réduire l’impact des variants», explique-t-il. «De voir qu’avant même l’ouverture de certaines activités, on n’avait pas le contrôle sur les variants, ça n’augure pas bien pour la suite», ajoute le Dr De Serres.

Une tendance mondiale

Les variants se transmettent environ 40 % plus efficacement au Québec, selon la modélisation, ce qui correspond à la tendance de leur progression ailleurs dans le monde.

La province compte présentement plus de 4682 cas cumulatifs de variants qui sont présents dans presque toutes les régions du Québec, selon l’épidémiologiste.

Pour les régions à l’extérieur du grand Montréal, le nombre de nouveaux cas enregistrés est plus faible, mais les variants pourraient déjà être dominants dans la Capitale-Nationale et Chaudière-Appalaches.

Pour l’instant, c’est le variant britannique qui est le plus présent dans la province, «mais les variants, il y en a au Canada, il y en a ailleurs dans le monde, et on pourrait voir ce tableau se modifier au cours des prochains mois», ajoute-t-il.

Les chercheurs derrière cette modélisation ont d’ailleurs conclu que le taux de reproduction (Rt) des variants du SRAS-CoV-2 est d’environ 1,31 alors que celui des autres souches du virus est de 0,92. Un Rt supérieur à 1 signifie que l’épidémie est en croissance.

«Le taux de reproduction, c’est dépendant de la façon dont les gens appliquent les mesures. Si on réussit à bien les appliquer, on peut espérer garder ce fameux taux de reproduction le plus près de 1 possible et même en dessous de 1», explique le Dr De Serres.

Avec Laurianne Croteau

Quels sont les variants du coronavirus qui inquiètent les experts?

Depuis la fin de 2020, la multiplication des cas liés à des variants du SRAS-CoV-2 provenant de trois pays inquiète particulièrement les autorités. Quels sont ces variants qui pourraient provoquer une troisième vague d’infection?

© Daniel Cole/Associated Press La France a recours à l’analyse des eaux usées pour détecter la propagation du virus et de ses variants.

D’entrée de jeu, il faut rappeler qu’il est tout à fait normal de voir des mutations dans un virus. Lorsque le virus se multiplie, il accumule des mutations (changements au code génétique). La plupart de ces mutations n’ont pas d’impact sur le taux de mortalité ou sur le rythme d’infection.

Toutefois, les variants identifiés au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil ont tous subi des mutations dans la protéine nommée spicule. Ainsi, ces variants semblent être davantage capables d’attaquer les cellules et de se propager. Que sait-on de ces variants?

• Découvert en septembre
• Présent dans plus de 60 pays, dont le Canada
• Ce variant se transmet de 30 % à 70 % plus facilement

Ce variant est responsable de la croissance exponentielle du nombre d’infections au Royaume-Uni. Le variant B.1.1.7. a frappé soudainement et très rapidement, il a donc été difficile de le contenir. Au début de novembre, le quart des nouvelles infections détectées au Royaume-Uni étaient liées à ce variant. En décembre, c’était 60 %. Aujourd’hui, ce variant domine les nouvelles infections.

Non seulement ce variant semble plus contagieux, mais il serait également plus mortel. Notons qu’environ 30 % des 106 000 décès au Royaume-Uni ont été recensés depuis le 1er  janvier 2021. Plus de 33 000 Britanniques sont morts de la COVID-19 en moins d’un mois. 

Le CDC a indiqué cette semaine que ce variant, même s’il est encore peu présent aux États-Unis, pourrait devenir le variant le plus dominant d’ici le mois de mars.

Ce variant a été détecté au Canada. Au début de février, il y avait plus de 70 cas en Ontario, près d’une dizaine au Québec, une cinquantaine en Alberta et une quinzaine en Colombie-Britannique.

Selon une modélisation de la propagation de la COVID-19 développée par des chercheuses de l’Université Simon Fraser, si le nombre de cas augmentait de 30 %, le pays pourrait connaître jusqu’à 20 000 nouveaux cas quotidiens lors d’une autre vague en mars.

Selon les premiers constats, le vaccin de Pfizer et BioNTech est efficace contre ce variant. Moderna étudie la possibilité d’ajouter une dose supplémentaire pour que son vaccin soit davantage efficace contre ce dernier.

Par contre, les autorités britanniques disent avoir récemment une autre mutation dans le variant B.1.1.7 qui serait potentiellement plus contagieuse et qui semble rendre certains vaccins moins efficaces. Une campagne de dépistage de porte-à-porte a été lancée dans certaines zones pour essayer de circonscrire la propagation de ce « super-variant ».

Les vaccins de Novavax et Janssen (pas encore approuvés au Canada) semblent être efficaces contre ce variant.

Variant B.1.351 (Afrique du Sud)

• Découvert en octobre
• Présent dans plus de 30 pays, dont le Canada

Ce variant inquiète les experts en raison de son nombre élevé de mutations, surtout dans le spicule.

Selon les estimations, ce variant est 50 % plus contagieux, mais il ne serait pas plus mortel. Ce nouveau variant pourrait aussi présenter un risque de réinfection plus élevé, mais les études à ce sujet sont encore préliminaires.

Le premier cas du variant B.1.351 a été découvert pour la première fois au pays en Alberta, au début du mois de janvier. Une personne en Ontario qui a été infectée par ce variant n’aurait pas voyagé ni n’aurait eu de contact avec un voyageur, signe que le variant a possiblement commencé à se propager dans la communauté.

Les vaccins semblent être un peu moins efficaces contre ce variant; Novovax (efficace à 60 %), Johnshon & Johnson (efficace à 57 %). Moderna et Pfizer disent qu’ils étudient la possibilité d’ajouter une dose supplémentaire pour que leur vaccin soit davantage efficace contre ce variant.

Variant P.1 (Brésil)

• Découvert en novembre
• Présent au Brésil et aux États-Unis

La ville de Manaus au Brésil avait été fortement touchée par le virus lors de la première vague au printemps. En fait, on estimait qu’en octobre, 75 % de la population avait été infectée. C’est pourquoi les experts ont été surpris par une nouvelle vague de cas et d’hospitalisations en janvier.

 

© BRUNO KELLY/Reuters Les hôpitaux de Manaus manquent de bonbonnes d’oxygène et plusieurs familles de patients hospitalisés essaient d’en acheter de compagnies privées.

Les chercheurs ont encore peu de réponses à leurs questions concernant ce variant, mais la hausse fulgurante du nombre d’hospitalisations les inquiète. Est-ce que ce variant est plus contagieux et a réussi à infecter les personnes qui y avaient échappé? Ou est-ce que ce variant réinfecte ceux qui ont déjà été malades? Ont-ils surestimé le nombre de personnes qui avaient été infectées au printemps?

Tandis que le variant britannique a pris trois mois pour dominer les nouvelles infections, le variant brésilien a réussi à dominer en un mois. En décembre 52 % des nouveaux cas étaient liés à ce variant; en janvier, c’était plus de 85 %.

Variant CAL.20C (Californie)

• Découvert en juillet
• Présent en Californie et dans au moins 11 États (Arizona, Connecticut, Maryland, New Mexico, Nevada, New York, Texas, Utah, Washington, Wyoming et District de Columbia)

Les chercheurs américains cherchaient la présence du variant britannique, mais ils ont plutôt découvert un variant californien. Il semblerait que ce variant existe depuis juillet, mais il a commencé à se répandre davantage en novembre. Ce variant est maintenant responsable de plus de la moitié des cas à Los Angeles. Ailleurs dans l’État de la Californie, entre 20 % et 30 % des cas seraient reliés à ce variant.

Les chercheurs n’ont pas encore déterminé avec certitude si ce variant est plus infectieux ou plus mortel. Toutefois, il faut noter que le nombre de cas et de décès a monté en flèche en décembre et en janvier dans cet État et que ce variant a été détecté dans plusieurs éclosions.

Un variant canadien à l’horizon?

Pour l’instant, il semblerait que le variant britannique se répande le plus rapidement à travers la planète. 

Mais le directeur national de santé publique du Québec, le Dr Horacio Arruda, est clair : le Québec et le Canada ne sont pas à l’abri de leur propre variant. «Plus on transmet la maladie, plus il y a de chances qu’il y ait des mutants qui s’installent. Ça peut être des mutants qui peuvent ne pas être dangereux du tout, mais ça peut devenir des souches dangereuses.»

Par exemple, le Québec a détecté dans le cadre de ses analyses génomiques un cas qui s’apparente à une mutation découverte en Australie. «Toutefois, les autres mutations qui définissent la lignée australienne n’étaient pas présentes dans l’échantillon du patient du Québec, explique l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ). La souche québécoise porteuse de cette mutation appartient donc à une lignée distincte.»

L’INSPQ indique que cette «situation est sous surveillance, mais n’est pas source de préoccupation à l’heure actuelle».

La conseillère scientifique en chef du premier ministre, Mona Nemer, partage les préoccupations du Dr Arruda. Des variants pourraient échapper aux vaccins, a-t-elle prévenu dans une entrevue aux Coulisses du pouvoir. Elle ajoute que la stratégie de retarder la deuxième dose du vaccin – comme c’est le cas au Québec – peut entraîner le développement de variants.

Elle ajoute que les provinces doivent absolument accélérer la cadence du nombre de tests faits pour limiter la propagation de ces variants.

Avec La Presse acanadienne par Mélanie Meloche-Holubowski 

Des variants pourraient échapper aux vaccins, selon la conseillère scientifique du Canada

L’arrivée des variants du coronavirus au Canada inquiète la conseillère scientifique en chef du premier ministre, Mona Nemer.

© Adrian Wyld/La Presse canadienne Mona Nemer, la conseillère scientifique en chef du premier ministre du Canada, est très critique quant à la stratégie de dépistage menée par le gouvernement du Québec.

«C’est préoccupant. Notre course contre la maladie – contre les variants – se fait en même temps qu’on commence la vaccination. Et si on ne prend pas le dessus rapidement, on peut favoriser le développement de variants qui vont échapper aux vaccins», a-t-elle affirmé en entrevue aux Coulisses du pouvoir.

Mona Nemer soutient qu’il faut en faire plus pour détecter ces nouvelles souches du virus qui pourraient devenir de plus en plus importantes.

«Je ferais beaucoup plus de séquençage et de caractérisation du virus, particulièrement dans les endroits où il y a des éclosions, comme aux frontières», dit-elle.

Selon une étude publiée en décembre, le nouveau variant du coronavirus détecté au Royaume-Uni est de «50 % à 74 %» plus contagieux.

Les variants sont d’ailleurs l’une des raisons qui ont incité le premier ministre Justin Trudeau à mettre en place des mesures plus restrictives pour les voyages non essentiels.

Les Canadiens de retour au pays doivent maintenant se soumettre à un test obligatoire de dépistage de la COVID-19. Ils devront ensuite s’isoler dans un hôtel désigné par le gouvernement en attendant leur résultat.

Moderna et Pfizer-BioNTech ont affirmé que leurs vaccins devraient être efficaces contre les mutations actuelles du virus.

Retarder la deuxième dose : une stratégie risquée

Mona Nemer estime que la stratégie de retarder la deuxième dose du vaccin peut entraîner le développement de variants. En effet, les individus qui ont reçu la première dose acquièrent une immunité partielle, surtout lorsqu’il s’agit de personnes qui n’ont pas un bon système immunitaire.

«On se retrouve donc avec le virus qui circule dans des milieux où les gens ont une immunité partielle. C’est un peu comme ça qu’on a commencé à générer les variants britannique et de l’Afrique du Sud», a-t-elle expliqué.

Le fédéral recommande de ne pas dépasser six semaines entre l’administration des deux doses du vaccin. Toutefois, Québec a plutôt décidé d’étendre ce délai à un maximum de 90 jours, afin d’administrer une première dose au plus grand nombre de gens possible.

La scientifique est dubitative quant à cette décision de la province.

«C’est la première fois qu’on a des vaccins à ARN, alors on ne connaît vraiment pas la qualité de la réponse immunitaire qu’ils génèrent […] Si on veut avoir les résultats très efficaces qui ont été démontrés, il faut suivre le protocole et éviter d’innover», a-t-elle soutenu.

«On est tombé dans la pensée magique»

Selon Mona Nemer, la deuxième vague a été sous-estimée et les gouvernements ont été pris de cours par l’évolution du virus. «On est peut-être tombé un peu dans la pensée magique», lance-t-elle.

La conseillère scientifique en chef du premier ministre soutient qu’il y a eu des lacunes sur le plan de la stratégie de dépistage, ce qui nous a empêchés de maîtriser la pandémie.

«On n’a pas mis sur pied un système de dépistage assez robuste pour détecter rapidement les premiers signes d’une nouvelle éclosion, que ce soit dans les milieux vulnérables comme les CHSLD ou les lieux de travail […] À partir du moment où vous n’êtes plus capable de retracer les contacts des gens infectés, vous avez perdu la bataille.»

Avec Radio-Canada par  Thomas Laberge